آیتالله خامنهای بر اساس حکم حضرت امام خمینی(ره) در ۲۰ اردیبهشت ۱۳۵۹ بعنوان نمایندهی ایشان در این شورا منصوب و گردید و همچنین دبیر و سخنگوی این شورا بود.